Carl Woese y sus colaboradores propusieron la construcción de un árbol filogenético único, en el cual se diferencian 3 linajes evolutivos, a los que se les asigno la categoría de Dominio. Así, concibieron el dominio ARCHAEA( o bacterias arcaicas), el BACTERIA (eubacterias) y el EUKARYA (todos los dominios Eucariontes o con núcleo,estos es, los pertenecientes a los reinos Protoctista, Fungí, Animalia y plantae). Los dominios Archaea y Bacteria incluyen organismos procariotas, es decir, con células sin núcleo definido.
Carl Woese tomo como referencia el análisis comparativo de secuencias de ARN ribosomal (ARNr). el cual aporta una medida de distancia evolutiva entre los distintos grupos taxonómicos.